himac APPLICATION

No.98 OCTOBER 1999

大規模シーケンス用のプラスミドDNAの抽出

機種：ゲノム解析用MG768形プラスミドDNA抽出システム

MG768形プラスミドDNA抽出システムにより96穴ディープウェルプレートを用いてプラスミドDNAを抽出した例

  • 全世界で様々な生物のゲノム解析が盛んに行なわれており、現在、その第一段階であるゲノムシーケンスが急ピッチで進められています。MG768形プラスミドDNA抽出システムは、この大規模シーケンスに必要となる大量のプラスミドDNA抽出工程の自動化を目的に開発されました。本装置は、96穴ディープウェルプレート1枚を1時間で処理、8時間の連続運転で最大768サンプルの処理が可能です。また、遠心法を採用することにより大幅なランニングコストの低減を実現しました。ここでは、96穴ディープウェルプレートで培養した大腸菌の培養液1.5mlからプラスミドDNAを抽出した例について報告します。

1. 結果

  • 使用容器：96穴ディープウェルプレート
    抽出装置：遠心法
    大腸菌培養量：1～1.5ml
    抽出したプラスミドDNA量：5～10μg
    シーケンス可能塩基対：500～600dp

  • シーケンサ： SQ-5500形 日立 蛍光式パーソナルDNAシーケンサ
  • サンプル量： 5μl/50μ
  • 反応試薬： TexasRed labeled fluorescent Primer, Thermo Sequenase pre-mixed cycle sequencing kit RPN2444（アマシャム社製）
  • 泳動条件： 6％ LongRangerTMゲル6.1M Urea, 1.2×TBE, RunningBuffer0.6×TBE

2. 抽出プロトコール例

    • 試薬１：懸濁試薬（トリス－塩酸緩衝液）
    • 試薬２：溶菌試薬（アルカリ－SDS溶液）
    • 試薬３：中和試薬（酢酸緩衝液）
    • 試薬４：沈殿試薬
    • 試薬５：洗浄試薬

3. 使用機種

MG768形プラスミド抽出システム
遠心機：himac 高速冷却遠心機
ロータ：R6Sロータ

4. 装置構成

  • 本システムは抽出部と遠心機部の2つの部分から構成されています。抽出部には

    1. デカント部：遠心後の不要な上清をデカントアスピレーション（デカンテーションをしながら吸引する)により除く
    2. 試業分注部：試薬を分注する
    3. 攪拌部：攪拌を行なう
      があります。抽出部と遠心機部の96穴ディープウェルプレートの移動は搬送部にて行います。